Cobertura com vara mágica
Caro manfio,
A varinha mágica pode ser usada sim para fazer coberturas (e outros elementos construtivos) com formatos poligonais ou como você diz, fora do esquadro.
No caso da cobertura, atente-se ao modo de geometria que pode estar adotando, pois existe o método retângular ("no esquadro"), o método poligonal, métodos curvos e policoberturas. No seu caso acredito que tenha que usar o poligonal.
Para resolver esse problema do excesso de cobertura, você pode tentar pelas ferramentas de edição (aqueles que aparecem quando ser cursor fica em forma de mercedes e/ou em "v").
Outra dica, é você dar uma olhada no Menu Modelação -> Operação de Elementos Sólidos, por ele creio que pode resolver isto.
Este link ensina a usar tal ferramenta:
http://architruques.blogspot.com/2006/10/operao-de-elementos-slidos.html